石英玻璃综合性能高，同时还具有良好的热学性能、光学性能和电学性能，但对石英玻璃来讲,只需要微量的杂质就会大大减低其性能。因此，控制石英玻璃中杂质的含量，不仅有利于提高石英玻璃的纯度,同时还有利于提高石英玻璃的性能。而石英玻璃的纯度直接取决于原料和高纯石英砂的纯度，同时根据加工的条件、方法不同也会引入部分杂质。

　　石英玻璃里面的碱（碱土）金属元素，能降低石英玻璃的机械强度、热学性能和光学性能。特别是在石英玻璃高温（>1000℃）应用中，碱（碱土）金属杂质能起到助熔作用，形成结晶核心，使石英玻璃出现析晶失透、变形等不良现象。

　　微量Al的渗入即能降低石英玻璃高温黏度，也能增强玻璃析晶作用，降低石英玻璃的应用性能。因此应控制石英玻璃中Al含量，一般要求Al含量需低于20ppmw，半导体和石英坩埚中更是要求低于10ppmw；多晶硅拉制单晶硅时，B元素超标对单晶硅的电阻起到巨大的影响。

　　过渡金属元素Fe、Ni、Mn、Zn等取代Si，容易使石英玻璃产生色斑，光透率降低，还会破坏玻璃的绝缘性，对电器设备的稳定性造成较大影响。

　　在石英玻璃熔炼过程中，水与SiO2反应，生成羟基（-OH），羟基含量的多少与熔炼气氛密切相关。通常情况下，氢氧焰气炼石英玻璃羟基含量较大（150——400ppmw），而真空电熔石英玻璃羟基仅为1——10ppmw。

　　羟基和碱金属一样能降低玻璃黏度，从而降低耐温性；影响热膨胀系数，降低热震性；羟基会吸收红外线，减少红外线透过率；它的存在，还会增大石英玻璃的析晶率，从而，制品的高温使用寿命降低。

　　石英矿普遍存在的气液包裹体是形成石英玻璃气泡的主要因素，气泡能劣化石英玻璃光学性能和力学强度。石英熔体粘度高，是石英玻璃的优良特性，但熔炼石英玻璃时，这却成了缺点。石英玻璃熔炼时，原料中的气体包裹体形成气泡，熔体升温至1700℃，黏度仍高达105Pa·s，气泡不易浮出。虽然继续升温，可降低石英熔体黏度，但加热至1900℃后，石英汽化作用增快，大幅增加能耗并造成材料大量损失。